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免税事業者の適格請求書発行事業者登録日で2年縛りに違いが生じる?

税務通信3685号の税務の動向に「R4改正 免税事業者のインボイス登録日で2年縛りに違い」と何やら気になる記事が掲載されていました。

令和4年度税制改正大綱で免税事業者の適格請求書発行事業者の登録に係る経過措置の延長が盛り込まれたことに関するもので、現行法においては、経過措置期間について令和5年(2023年)10月1日の属する課税期間以外では、期中から適格請求書発行事業者の登録を受けることができないとされているものが、改正により令和11年9月30日まで期中から登録を受けることができることになるようです。

そもそも、免税事業者が適格請求書発行事業者として登録することと、課税事業者を選択することはそれぞれ手続きが必要となるというのが原則ですが、上記の経過措置を適用すると、適格請求書発行事業者の登録申請書の提出のみで登録手続きが完了するため、課税選択届出書は不要となるという取り扱いになっています(平成28年改正法附則44④、インボイス通達5ー1)。

ここからが、ややこしいところですが、現行制度上、経過措置の適用で免税事業者から適格請求書発行事業者(=課税事業者)になった場合、いわゆる2年縛りの対象外となっています。これは、2年縛りの適用が、免税事業者が課税選択届出書を提出した事業者に限定されているためです。

一方、令和4年度税制改正では、課税選択届出書を提出した場合とのバランスを考慮し、令和5年10月1日の属する課税期間に登録を受けたか否かによって以下の通り、2年縛りの取り扱いが異なるようになるとのことです。

①令和5年10月1日の属する課税期間に登録を受ける場合
 この場合は、改正後も従来通り2年縛りの対象外となるとのことです。

②令和5年10月1日の属する課税期間以外に登録を受ける場合
 経過措置期間の延長期間中に登録を受けた場合は、課税事業者届出書を提出した場合とのバランスを考慮し、課税事業者届出書を提出していなくても2年縛りの対象となるとのことです。

まとめると、以下のように考えられます
・適格請求書発行事業者として登録と課税事業者の選択手続きは別々に行うのが原則的な建付けとなっている。
・ただし、経過措置により当面、適格請求書発行事業者として登録をすると課税事業者の選択手続きはしなくてもよい。
・むしろ、2年縛りの適用の有無を考えると課税事業者届出書は提出しないほうがよいと思われる。
・ただし、令和4年度税制改正により、令和5年10月1日の属する課税期間以外の登録では経過措置によっても2年縛りの適用を受けるようになる。

なお、免税事業者になれない期間中に調整対象固定資産を取得等した場合のいわゆる3年縛りについても、課税選択届出書を提出した事業者に限定されているという点は上記と同様ですが、こちらは経過措置により登録を受けた場合は対象外、課税選択届出書を提出を提出した場合は適用対象となるという取扱いに変更はないとのことです。

<参考:インボイス通達5-1>
第5 経過措置関係
(免税事業者に係る適格請求書発行事業者の登録申請に関する経過措置)
5-1 28 年改正法附則第 44 条第4項《適格請求書発行事業者の登録等に関する経過措置》の規定により、適格請求書発行事業者の登録開始日(同条第3項に規定する「登録開始日」をいう。)が平成 35 年 10 月1日の属する課税期間中である適格請求書発行事業者の登録がされた場合には、当該登録開始日から当該課税期間の末日までの間における課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れについては、法第9条第1項本文の規定は適用されないのであるから、当該課税期間において免税事業者である事業者が適格請求書発行事業者の登録を受けようとする場合には、登録申請書のみを提出すればよく、課税事業者選択届出書の提出を要しないことに留意する。
(注) 28 年改正法附則第 44 条第4項の規定の適用を受け、平成 35 年 10 月1日の属する課税期間中に適格請求書発行事業者の登録を受けた事業者は、当該課税期間の翌課税期間以後の課税期間についても法第9条第1項本文《小規模事業者に係る納税義務の免除》の規定の適用はないこととなる。
なお、当該事業者(適格請求書発行事業者の登録を受けていないとすれば、同項本文の規定の適用がある事業者に限る。)は、法第 57 条の2第 10 項第1号《適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める場合の届出》に規定する適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書を提出し、当該登録の取消しを受けることで、法第9条第1項本文の規定が適用される。

平成35年→令和5年(2023年)
法第9条第1項本文→小規模事業者に係る納税義務の免除の規定(課税売上1000万円以下)

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