電子取引制度対象の請求書等を出力保存した場合、「やむを得ない理由」等の記載なく仕入税額控除は認められるか？
着々と施行日が近づいてきている改正電子取引制度ですが、税務通信3664号の税務の動向に、電子取引を書面保存した場合、「やむを得ない理由」等の記載なく仕入税額控除が認められるのかについて解説している記事が掲載されていました。
結論としては、書面出力保存をした場合であっても「仕入税額控除が否認されることは、一般的に考えにくいといえよう」とのことです。
ただし、請求書等の電子データを受領いた場合には、”「やむをえない理由」等の記載による帳簿保存により仕入税額控除を行うしかない”というのが原則とされています。したがって、上記は、諸々を総合的に勘案した場合に、仕入税額控除が否認されることはないだろうという見解であるという点には注意が必要です。
仕入税額控除が必ずしも否認されるわけではないと考えられる理由として、「例えば、電子メールに請求書のPDFが添付されてきたとして、これを出力した書面と、郵送されてきた紙の請求書を区別することは難しいからだ。調査においても、出力した書面なのか紙の請求書なのかの判断は難しく、請求書等のデータを出力した書面だったということを理由として仕入税額控除が否認されたという事例も聞いたことはないという」という点が取り上げられていました。これは私も疑問に感じていた点で、モノクロ印刷で出力結果が不自然に見えるというようなケースでなければ、データを出力して保存したものと郵送されてきたものを見分けるのは実務上難しいというのは納得です。
ところで、2021年7月16日に公表された電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】の問21（電子取引で授受したデータについて、所得税法・法人税法と消費税法で取扱いにどのような違いがあるのですか。）の回答の中に以下のような記載がなされています。
一方、消費税に係る保存義務者が行う電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存については、その保存の有無が税額計算に影響を及ぼすことなどを勘案して、令和４年１月１日以後も引き続き、その電磁的記録を書面に出力することにより保存することも認められています（令和５年10月の適格請求書等保存方式の導入に伴う電子インボイスの保存についても、【問４】のとおり一定の方法により出力した書面の保存により仕入税額控除の適用が可能です。）。
上記から、書面出力して保存しておけば仕入税額控除可能と考えてしまいそうですが、上記は「電子データの書面出力保存が認められる旨を記載しているだけであり、法令上、書面出力保存により仕入税額控除が認められるとは言えない」とのことです。
なんだかわかりにくいですが、まとめると、厳密に解釈すれば、電子データのみで請求書を受領したような場合、「やむをえない理由」等の記載により仕入税額控除を行うしかないものの、インボイス制度導入後は、法令上、書面出力保存により仕入税額控除が認められることになっていること、データを出力したものと郵送されてきたものを見分けるのも実務上は困難であることなどを総合的に勘案すると、消費税の取り扱いとしては、書面出力保存によって仕入税額控除が否認される可能性は低そうだということです。
