修正申告の場合は調査違法でも効果は変わらず
T&A master No.612の「調査違法でも修正申告の効果は変わらず」という記事で9月30日に公表された裁決事例（平静27年3月26日裁決）が取り上げられていました。
建設業者を営む納税者が課税庁の調査を受けて所得税の修正申告および消費税等の期限後申告書を提出し、課税庁が当該申告書等に基づいて重加算税等の各賦課決定処分を行った事案において、調査の対象期間を７年間分とする調査を行う旨の説明を受けていないなど、調査に違法があったことにより修正申告等が無効になるかが争点となったとのことです。
結論としては、修正申告及び期限後申告は調査の有無に関係なく、納税者が自己の意思により行うものでると指摘し、更正及び決定と異なり調査が要件になっているものではないため、調査の違法があることのみを理由として、その申告が無効になることはないという裁決が下されたとのことです。
更正は税務署長が調査により課税標準等又は税額等を更正するとされており（国税通則法24条）、決定は税務署長が調査により課税標準等及び税額等を決定する（同25条）とされています。審判所は、いずれも調査が前提となっているため、更正に基づき過少申告加算税の賦課決定処分が行われた場合及び賦課決定処分が行われた場合には、調査手続きに重大な違法があり調査がないに等しいと評価された場合には、更正及び決定の取り消し事由となるとしたとのことです。
調査手続きに重大な違法があり調査がないに等しいと評価される調査手続きの違法性がどの程度のことをいうのかは分かりませんが、修正申告をした時点で自主的な申告ということになってしまい調査手続の違法性は関係なくなるということは記憶しておいた方がよさそうです。
ところで、仮に今回の事案が、調査手続きの瑕疵により無効とされた場合、明らかに誤りがあることを課税庁が把握していたとしても、再調査はできないのだろうかという点が問題となります。この点については、国税庁の税務調査手続きに関するＦＡＱに以下が掲載されています。
問28 実地の調査が終了し、「更正決定等をすべきと認められない」旨を通知する書面を受け取りましたが、今後は調査を受けることはないのでしょうか。
ある税目・課税期間について実地の調査を行った場合には、調査の結果、更正決定等をすべきと認められなかったか否かにかかわらず、原則として、その税目・課税期間について再度の調査を実施することはありません。
ただし、例えば、実地の調査終了後に行われた取引先の税務調査で、当初の調査の際には把握されていなかった非違があることが明らかになった場合のように、法令上定められている「新たに得られた情報に照らして非違があると認めるとき」との要件に該当する場合は、既に調査の対象となった税目・課税期間であっても再調査を実施することがあります。
上記からすると、課税庁が同一税目、課税期間について再調査を行うためには「新たに得られた情報」がなければならないとのことなので、そうだとすると上記の事案では修正申告しても重加算税等を課せられていることからすれば、更正及び決定を待って争った方がよかったのかもしれません。
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